10x Gennomics單細胞轉錄組測序

10x Genomics單細胞轉錄組測序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在單個細胞水平對 mRNA 進行高通量測序的一項新技術,其能夠以高通量和單分子分辨率研究單個細胞表達譜,揭示復雜細胞群體的異質性,避免單個細胞的基因表達信號被群體的平均化所掩蓋。
10x Genomics系統具有高通量、周期短、適用范圍廣等優勢,一個樣品可進行1000-10000個細胞轉錄組分析;6.5min可完成上萬細胞的封裝,一天內完成單細胞捕獲、反轉錄擴增與建庫;相較其他平臺,單個細胞的測序成本低;適用于絕大部分的細胞類型,包括生殖細胞、胚胎細胞、血細胞、神經細胞、腫瘤細胞、免疫細胞、干細胞等。

應用領域
發育生物學:胚胎、神經、腦等各種組織;
腫瘤異質性與耐藥性研究;
干細胞分化潛能研究;
免疫方向;
細胞圖譜繪制。

技術路線

分析內容
標準信息分析
(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結果)
1.測序數據統計與評估:各個樣本測序數據基本質控(reads數、測序飽和度等)、各個樣本數據比對(細胞數目統計、reads基因組比對率等)、基因表達定量
2.單細胞亞群分類與分類結果可視化:細胞過濾、細胞亞群分類、分類結果可視化(TSNE圖)
3.亞群上調表達基因分析:上調表達基因篩選、上調表達基因基因GO/KEGG功能富集分析
4.標記基因篩選以及調控網絡分析:標記基因篩選、各標記基因在群體中的表達分布、標記基因蛋白質互作網絡分析

高級信息分析:擬時分析
個性化分析:已知標記基因表達分布、多樣本亞群間比較、Reactome和DO功能富集分析

樣品要求
樣本類型:制備好的細胞懸液;
細胞活性:活細胞數在90% 以上;
細胞大?。盒∮?0μm;
細胞培養基及緩沖液不能含有Ca2+和Mg2+等影響酶活性的物質。


項目周期
標準流程完成時間為50個工作日。

參考文獻
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Cell ranger :http://support.10xgenomics.com/single-cell/software/overview/welcome.

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