真核無參轉錄組

轉錄組是指某個物種特定細胞或組織在某一狀態下所轉錄出來產生的所有轉錄本的集合。對真核無參生物進行轉錄組測序,獲得參考序列后,可定量測定每個轉錄本在生長過程中和不同的條件下的表達水平的變化。通過新一代高通量測序,能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或者器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息,已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。

應用領域
樣本全轉錄本信息獲取
基因注釋及篩選
基因差異表達研究

技術路線

分析內容
標準信息分析

1. 原始數據過濾,去除接頭序列及低質量reads

2. 數據產出統計及測序質量評估(測序飽和度分析、測序隨機性分析)

3. 轉錄組denovo組裝


4. 組裝質量統計與分析(Contig N50、Unigene*長度分布、reads覆蓋統計)

5. Unigene表達統計(基因覆蓋度,表達量、表達量豐度分布)

6. Unigene基本功能注釋

6.1 Unigene Nr蛋白數據庫注釋
6.2 Unigene SwissProt蛋白數據庫注釋
6.3 Unigene COG/KOG注釋及分類
6.4 Unigene GO功能注釋及分類
6.5 Unigene Pathway代謝通路注釋

7. Unigene高級功能注釋
7.1 預測編碼蛋白框(CDS)及Unigene序列方向預測
7.2 近緣模式生物同源基因CDS比較
7.3 Pfam蛋白結構域分析

8. SSR開發及引物設計
*此處Unigene 等同于“轉錄本”或“Transcript”

9. 樣本關系分析(主成分分析(PCA)、相關性系數熱圖、樣本聚類圖)

10. 差異表達基因分析(兩個或兩個以上樣品)

10.1 差異表達基因篩選
10.2 差異基因散點圖與火山圖
10.3 差異基因表達模式聚類分析(熱圖)
10.4 差異基因GO功能顯著性富集分析
10.5 差異基因Pathway顯著性富集分析

高級信息分析
1.SMART蛋白結構域數據庫分析
2. PlantTFDB植物轉錄因子數據庫分析(樣本為植物時提供該注釋)
3. AnimalTFDB動物轉錄因子數據庫分析(樣本為動物時提供該注釋)
4. PRGDB植物抗病基因數據庫分析(樣本為植物時提供該注釋)

樣本要求
樣品需求:總量≥5μg,濃度≥ 100 ng/μl
樣品純度:動物樣品, RIN ≥7, OD260/280≥1.8,28S/18S≥1.0;
樣品請置于1.5 ml管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口。在運輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管,干冰運輸。

項目周期
標準流程完成時間為40個工作日。

參考文獻
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